Sau khi nhà Thanh chinh phục toàn cõi Mông Cổ, các bộ lạc chịu quy phục ở Mạc Nam (phía nam sa mạc Gobi) được gọi là "Nội Trát Tát Khắc Mông Cổ (内札萨克蒙古).[4] Còn các bộ lạc thuộc phân nhóm Khách Nhĩ Khách (Khalka) và Vệ Lạp Đặc (Oirat) ở Mạc Bắc thì được gọi là Ngoại Trát Tát Khắc Mông Cổ (外札薩克蒙古). "Trát tát khắc" (扎薩克, Jasagh) là một chức quan của quý tộc Mông Cổ vào thời nhà Thanh. Đến cuối thời Thanh thì "Nội Trát Tát Khắc Mông Cổ" trở thành "Nội Mông Cổ".

Trong tiếng Mông Cổ, khu vực Mạc Nam vào thời nhà Thanh được gọi là ᠳᠣᠲᠤᠭᠠᠳᠤ
ᠮᠣᠩᠭᠣᠯ (chuyển tự Latinh: dotuγadu mongγol), có ý nghĩa tương tự như trong tiếng Hán. Năm 1947, chính quyền khu tự trị đã đổi tên tiếng Mông Cổ của khu vực thành ᠥᠪᠥᠷ
ᠮᠣᠩᠭᠣᠯ (chuyển tự Latinh: öbör mongγol), "öbör" có nghĩa là hướng đón ánh mặt trời, tức hướng nam (vì Nội Mông nằm cách xa chí tuyến bắc nên mặt trời luôn ở phía nam) của một ngọn núi.